لا يُعرف إلا القليل عن تاريخ بوتان القديم، ففي القرن التاسع الميلادي، هزم الغزاة التيبتيون قوم بوتيا تيفو ـ سكان البلاد الأصليين ـ واستوطنوا في بوتان. وفي مطلع القرن السادس عشر الميلادي سيطرت سلالة الغزاة التيبتيين على بوتان وذلك من عدد كبير من الزونغات الكائنة في منطقة وسط الهملايا.
وفي أوائل القرن السابع عشر الميلادي أصبحت بوتان دولة منفصلة، حينما تسلم السلطة لاما بيتي حاكمًا دينيًا وسياسيًا.
خلال القرنين الثامن عشر والتاسع عشر الميلاديين أغار البوتانيون على سكيم وجزء مما كان يُعرف بالهند البريطانية آنذاك، مما جعل بريطانيا تسيطر على بعض الشؤون الخارجية.
وفي عام 1907م اختير يوغين وانغشك، الذي كان يحمل لقب بنلوب (حاكم إقليمي) لإدارة شؤون الحكومة، فنصَّب نفسه أول ملك لبوتان وأسس أول حكومة مركزية قوية في البلاد.
وفي عام 1910م سيطرت الحكومة البريطانية الهندية تمامًا على العلاقات الخارجية البوتانية. إلا أن البريطانيين لم يتدخلوا في الشؤون الداخلية للحكومة البوتانية. ثم وافقت الهند عام 1949م على إدارة الشؤون الخارجية لبوتان والمساعدة في تنمية اقتصادها، ثم تولت مؤخرًا مسؤولية الدفاع عن بوتان.
ظلت بوتان منعزلة عن بقية العالم حتى عام 1959م عندما ادعت الصين أحقيتها في جزء من البلاد، فلجأت بوتان إلى تقوية علاقتها مع الهند، وبدأت في وضع برامج لتحديث الاقتصاد والنظام التعليمي ومرافق الصحة العامة. وفي عام 1972م توفي الملك جيغمي دورجي وانغشك وخلفه ابنه جيغمي سينجي وانغشك. في 1990م، احتج الناطقون بالنيبالية في جنوب البلاد على قانون المواطنة لعام 1985م والذي طبق بأثر رجعي. كما احتجوا على إلغاء مادة اللغة النيبالية من المنهج الدراسي. قمعت الحكومة الاحتجاجات مما اضطر أكثر من 90 ألف مواطن إلى اللجوء إلى نيبال وأسام والبنغال الغربية عام 1993م.
